Towarzystwo powinno posiadać odpowiednią strukturę organizacyjną z wyraźnym podziałem funkcji, zadań i odpowiedzialności, w tym w ramach systemu kontroli wewnętrznej posiadać system nadzoru zgodności działalności z prawem, system zarządzania ryzykiem oraz system audytu wewnętrznego.
Kształtując organizację systemu zarządzania w Towarzystwie, Towarzystwo powinno uwzględnić nadrzędny cel tego systemu tj. zapewnienie prawidłowego wykonywania zadań z zakresu zarządzania. W celu zapewnienia niezależności wykonywanej funkcji Towarzystwo powinno dołożyć starań, aby podział obowiązków z zakresu systemu zarządzania został jasno określony w całej strukturze organizacyjnej, również na poziomie zarządu Towarzystwa, tak by funkcje operacyjne były oddzielone od kontrolnych.
W ramach funkcjonującego w Towarzystwie systemu zarządzania ryzykiem należy wyodrębnić w strukturze Towarzystwa dedykowaną komórkę ds. zarządzania ryzykiem. Zgodnie z obowiązującymi przepisami komórka ta powinna być odrębna i niezależna, w szczególności pod względem podległości służbowej i pełnionych funkcji, od jednostek operacyjnych Towarzystwa odpowiedzialnych za podejmowanie decyzji inwestycyjnych. Ponadto należy zwrócić uwagę także na obostrzenia funkcjonujące w obrębie samego systemu kontroli wewnętrznej. Towarzystwo powinno zapewnić, aby osoby wykonujące zadania z zakresu audytu wewnętrznego nie łączyły ich z funkcją nadzoru zgodności działalności z prawem lub funkcją zarządzania ryzykiem, jak również nie brały udziału w wykonywaniu czynności operacyjnych dotyczących ustalania poziomu i rodzaju ryzyka ponoszonego przez fundusz inwestycyjny otwarty - w przypadku gdyby prowadziło to do sytuacji, w której osoby te jednocześnie nadzorowałyby wykonywane przez siebie czynności. Z tego względu Członek zarządu ds. ryzyka nie powinien nadzorować komórki audytu wewnętrznego.
W pozostałych obszarach Towarzystwa mogą w sposób indywidualny kształtować strukturę w taki sposób, aby zapewnić ostrożne i stabilne zarządzanie Towarzystwem, z uwzględnieniem ochrony inwestorów dokonujących inwestycji w fundusze inwestycyjne. W tym celu Towarzystwa powinny zatrudniać wystarczającą liczbę pracowników posiadających umiejętności, wiedzę specjalistyczną i doświadczenie niezbędne do wykonywania przydzielonych im obowiązków. Każde Towarzystwo kształtując swoją strukturę organizacyjną powinno uwzględnić charakter, skalę i złożoność prowadzonej przez nie działalności, a także mieć na względzie zasady polityki inwestycyjnej oraz strategii inwestycyjnej funduszy inwestycyjnych z uwzględnieniem rodzajów, typów oraz szczególnych konstrukcji funduszy, którymi zarządza Towarzystwo.
