W skład Komisji wchodzi osiem osób – Przewodniczący KNF, jego dwaj zastępcy i przedstawiciele: Ministra Finansów, Ministra Rozwoju, Ministra Rodziny, Pracy i Polityki Społecznej, Prezesa Narodowego Banku Polskiego oraz Prezydenta RP.
Przewodniczący KNF, powoływany na 5 – letnią kadencję przez Prezesa Rady Ministrów, reprezentuje Komisję i kieruje jej pracami.
Komisja podejmuje uchwały, w tym decyzje i postanowienia, zwykłą większością głosów, na posiedzeniach, które odbywają się co około dwa tygodnie (lub częściej, w zależności od potrzeb rynku) oraz w „trybie obiegowym” (korespondencyjnie).
Komisja i Przewodniczący KNF wykonują zadania przy pomocy Urzędu Komisji Nadzoru Finansowego (UKNF). Pracami UKNF kieruje Przewodniczący KNF oraz jego dwaj zastępcy (pozostali członkowie Komisji nie pracują w urzędzie). Pracownicy UKNF nie wchodzą w skład korpusu służby cywilnej.
W ramach udzielonego przez Komisję upoważnienia, Przewodniczący, jego zastępcy oraz wskazani pracownicy UKNF podejmują działania w zakresie właściwości KNF (m.in. postanowienia i decyzje administracyjne). Ustawa wskazuje kategorie spraw, co do których rozstrzygnięcia może wydawać wyłącznie Komisja. Są to m.in. zezwolenia na prowadzenie działalności na rynku finansowym, sankcje administracyjne i inne sprawy o najistotniejszym znaczeniu dla funkcjonowania rynku finansowego.